1、磁盤分區(qū)容量區(qū)別
NTFS可以支持的分區(qū)(如果采用動(dòng)態(tài)磁盤則稱為卷)大小可以達(dá)到2TB（2048GB）,而Windows 2000中的FAT32支持分區(qū)的大小最大為32GB
2、單個(gè)文件容量區(qū)別
FAT32在實(shí)際運(yùn)行中不支持單個(gè)文件大于4GB的文件，一旦超過容量限制那么系統(tǒng)就會(huì)提示磁盤空間不足。
NTFS就目前來說已經(jīng)突破了單個(gè)文件4GB的容量限制，目前來說似乎沒容量限制，只要硬盤空間容量有多大，那么就NTFS就可以分到多大。
因?yàn)楝F(xiàn)在的很多應(yīng)用程序以及游戲大作都超過了4GB容量，因此用戶必須將大程序安裝的磁盤改成NTFS格式。
3、安全方面區(qū)別
可以針對(duì)電腦用戶對(duì)該格式下所有的文件夾、文件進(jìn)行加密、修改、運(yùn)行、讀取目錄及寫入權(quán)限的設(shè)置。此外，在磁盤分區(qū)下任意文件夾或文件上右鍵屬性，在高級(jí)屬性窗口中勾選中加密內(nèi)容以便保護(hù)數(shù)據(jù)即可做到加密。
FAT32文件安全設(shè)置：不支持；NTFS文件安全設(shè)置：支持
4、磁盤配額的區(qū)別
在一臺(tái)電腦有多個(gè)用戶使用時(shí)，而作為系統(tǒng)管理員，可以給用戶設(shè)置不同的磁盤空間容量，被設(shè)置用戶只能使用這個(gè)被限額的磁盤空間。
如：管理員設(shè)置用戶A的D盤磁盤配額為1GB，那么用戶A在使用電腦時(shí)，E盤他只能用1GB的空間，多的用不了。
FAT32磁盤配額：不支持；NTFS磁盤配額：支持
5、磁盤利用率區(qū)別：
在Windows2000的FAT32文件系統(tǒng)的情況下,分區(qū)大小在2GB～8GB時(shí)簇的大小為4KB；分區(qū)大小在8GB～16GB時(shí)簇的大小為8KB；分區(qū)大小在 16GB～32GB時(shí),簇的大小則達(dá)到了16KB。
而Win 2000的NTFS文件系統(tǒng)，當(dāng)分區(qū)的大小在2GB以下時(shí),簇的大小都比相應(yīng)的FAT32簇小;當(dāng)分區(qū)的大小在2GB以上時(shí)(2GB～2TB),簇的大小都為4KB。
相比之下，NTFS可以比FAT32更有效地管理磁盤空間，最大限度地避免了磁盤空間的浪費(fèi)。
6、系統(tǒng)文件壓縮的區(qū)別
在磁盤分區(qū)中任意文件中右鍵屬性，我們?cè)诟呒?jí)屬性窗口中可以設(shè)置給單個(gè)文件或整個(gè)文件夾壓縮，壓縮之后可以一定程度上節(jié)省占用磁盤空間的容量大小。而且當(dāng)對(duì)文件進(jìn)行讀取時(shí)，文件將自動(dòng)進(jìn)行解壓縮；文件關(guān)閉或保存時(shí)會(huì)自定對(duì)文件進(jìn)行壓縮。
FAT32系統(tǒng)文件壓縮：不支持；NTFS系統(tǒng)文件壓縮：支持
圖二：fat32格式
7、磁盤碎片方面的區(qū)別
從FAT16的文件系統(tǒng)格式，到之后的FAT32然后再到現(xiàn)在的NTFS文件系統(tǒng)格式，我們就會(huì)發(fā)現(xiàn)從磁盤分區(qū)的格式不同，那么所產(chǎn)品的磁盤碎片也是越來越小。
FAT32磁盤碎片：產(chǎn)生的磁盤碎片一般；NTFS磁盤碎片：產(chǎn)生的磁盤碎片較少
8.、現(xiàn)實(shí)應(yīng)用中區(qū)別
NTFS目前多用于電腦、移動(dòng)硬盤等各種大中型空間容量的磁盤。
FAT32卻多用于U盤、內(nèi)存卡等小型磁盤。
總結(jié)：NTFS文件系統(tǒng)與FAT32文件系統(tǒng)相比，功能更強(qiáng)大，適合更大的磁盤及分區(qū)，且磁盤利用率還很高，安全性與穩(wěn)定性也要好很多的，想較FAT32是更為完善和靈活的文件系統(tǒng)。所以目前來說NTFS格式是首選了。
畢竟Win7系統(tǒng)已經(jīng)不再支持FAT32格式了。